Mosselen filteren allerlei zwevende deeltjes (seston) uit het water. Het seston bestaat onder andere uit plankton, bacteriën en anorganisch materiaal. Plankton is een verzamelnaam voor alle vrij in het water zwevende organismen. Zooplankton wordt gevormd door dierlijke organismen, terwijl fytoplankton wordt gevormd door plantaardige organismen (algen). Mosselen voeden zich voornamelijk met fytoplankton maar ook met andere deeltjes in het water, zoals dood organisch materiaal en daaraan gehechte bacteriën, microzoöplankton en voor grotere mosselen, mesozooplankton, kunnen belangrijk zijn als voedselbron.
Algensoorten
Het soort fytoplankton waar de mossel zich mee voed heeft invloed op de groei. De kwaliteit van de deeltjes, die door de mosselen uit het water worden gefilterd, kan sterk variëren gedurende het seizoen. Kiezelwieren (diatomeeën) zijn erg geschikt als voedsel; schuimalgen die later in het seizoen voorkomen zijn van veel lagere kwaliteit. Een goede verhouding in algensoorten zorgt voor een optimale groei, afhankelijk van de concentratie, kwaliteit en celgrootte van de algen.
Voedselgrootte
Mosselen kunnen deeltjes groter dan 2 µm opnemen. De filtreerefficiëntie onder de 4 µm is echter wel lager en neemt toe naarmate de deeltjes groter worden, met een maximum rond de 30-35 µm. Wanneer er relatief meer kleine deeltjes in het water aanwezig zijn, zakt de maximale filtreerefficiëntie naar een kleinere diameter. Dit geeft aan dat mosselen de filtreerefficiëntie kunnen aanpassen aan de verhouding van de grootte van de deeltjes in het water. Dit is handig omdat de grootteverdeling van deeltjes in het water erg veranderlijk en seizoensgebonden is. In de zomer heb je bijvoorbeeld meer deeltjes in het water die groter zijn dan 4 µm dan in de winter. Volwassen mosselen kunnen ook groter dierlijk plankton opnemen met een grootte tussen de 100 en 1000 µm en er zijn zelfs wel eens diertjes van 3 tot 6 mm in de ingewanden van mosselen gevonden.
De voedselbehoefte van mossellarven is anders dan dat van mosselzaad of volwassen mosselen. Doordat larven kleiner van formaat zijn kunnen ze alleen de kleinere soorten algen opnemen. Het voedsel voor mossellarven bestaat voornamelijk uit fytoplankton en ultraplankton. Ultraplankton heeft een celgrootte kleiner dan 2 µm. Het ultraplankton vormt 50% van het totaal in het wild voorkomende fytoplankton.
Concentratie en clearance rate
Naast de kwaliteit en celgrootte van de algen is de beschikbare concentratie in het water bepalend voor de groeisnelheid en de overleving van mosselen. Bij een tekort aan voedsel groeien de mosselen niet optimaal. Bij een overschot aan voedsel vermindert de groei doordat er mogelijk inefficiënte opname van algen plaatsvindt. Een volwassen mossel kan per uur 2 tot 3 liter water filteren. Kleinere individuen hebben echter relatief hogere filtratiesnelheden; 1 kg kleine mosselen zal meer filtreren dan 1 kg grote mosselen. De filtratiesnelheid van een mossellarve is 0.1 tot 0.6 ml/dag. Een mossellarve heeft een voedselaanbod van algen nodig van 30-60% van het eigen gewicht per dag. Voor een efficiënte groei is 60-70% van het eigen gewicht per dag nodig. Een larve weegt in het beginstadium 0,1 mg en in het eindstadium 1 mg.