Een mossellarve heeft nog niet hetzelfde verteringssysteem als de mosselen die al op een plekje op een hard substraat hebben gevonden. Mossellarven zwemmen door het water waarbij een soort membraan met trilharen, een velum genaamd, voedseldeeltjes uit het water opvangt. Naarmate de larve groter wordt, verdwijnt het velum en ontstaat er een voet. De larve kan dan niet meer zwemmen en zakt naar de bodem. Met behulp van de voet kan de hele jonge mossel zich voortbewegen en opzoek gaan naar geschikte plek om zich vast te hechten met behulp van byssusdraden, ook wel de baard van de mossel genoemd. Binnen 1 tot 3 dagen na het aanmaken van byssusdraden ontstaan de mondlappen en kieuwlamellen. Vanaf dat moment heeft de mossel een ander verteringsmechanisme. Het is dan mogelijk om water te filteren en actief voedsel op te nemen. Tijdens de metamorfose kan de larve niet eten en moet daarom een beroep op reserves doen. De mortaliteit tijdens de metamorfose kan erg hoog zijn, mogelijk 99% van de totale hoeveelheid larven. Met de mondlappen kan een mossel het voedsel transporteren dat via de kieuwen de schelp binnenkomt. Een rij kamvormige kieuwenlamellen, ook wel ctenidia genoemd, vormen het ademhalingsorgaan maar halen tegelijkertijd ook actief het voedsel binnen. De trilhaartjes op de kieuwen zorgen namelijk voor een instroom van water. Andere trilharen zeven het water. De doorlaatruimte tussen deze trilharen kan worden aangepast, waardoor de grootte van de deeltjes die worden doorgelaten veranderlijk is. Omdat seston niet alleen uit eetbare algen bestaat, maar ook uit dode organische en anorganische componenten, wordt tijdens het filteren ook veel niet- of slecht verteerbaar materiaal verzameld. Gevangen en vastgehouden deeltjes worden naar de labiale palpen getransporteerd. Hier worden deeltjes ofwel afgewezen of verder naar de mond geleid. Bij de mondlappen wordt weer opnieuw geselecteerd. De eetbare deeltjes worden door de mossel verteerd en de niet eetbare deeltjes worden met behulp van slijm tot kleine pellets gevormd. De pellets worden langs de mantelrand via de instroomopening uitgescheiden. Dit uitgescheiden materiaal wordt pseudofaeces genoemd. De deeltjes die wel door de mondlappen worden opgenomen komen in de darmen terecht en worden daar verteerd. De verteerde delen worden als faeces uitgeworpen. Mosselen produceren kunnen twee soorten faeces, afhankelijk van de route die het voedsel heeft afgelegd. Wanneer er weinig geschikt voedsel in het water zit passeren de deeltjes de spijsverteringsklier en bestaat faeces uit zeer goed verteerd materiaal. Wanneer er veel eetbaar materiaal passeert, gebeurt dit niet en worden de deeltjes slechter verteerd. Het nog onduidelijk of mosselen in hun maag al bewust kunnen selecteren welk type deeltjes via de spijsverteringsklier gaan en welke deeltjes niet. Uiteindelijk wordt er dus op drie verschillende plekken voedseldeeltjes geselecteerd, namelijk bij de kieuwen, bij de monddelen en in de ingewanden.
